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神舟号飞船在结构上也更类似于联盟TM号飞船而与“东方”号飞船和“水星”号飞船迥然不同。进入轨道后的神舟飞船全长8米左右，可以分为3个部分：返回舱、轨道舱和服务舱。
返回舱也叫指令舱，外形呈半球形，是宇航员起飞和返回地面所在的舱位，宇航员在返回舱控制整个飞船系统，这里是宇宙飞船的指挥控制中心，也是整个飞船中唯一最终返回地面的部分。
轨道舱外形呈圆柱形，一端与返回舱相连，这里比返回舱宽敞一些，可以安放大量实验仪器和物资，是宇航员进行科学实验、生活起居的理想空间。在轨道舱的两侧张有两块大型太阳能电池板(联盟TM飞船没有这两块太阳能电池板)，并且在神舟号飞船的轨道舱内还安装有独立的动力及电力系统，这样一旦位于飞船中部的返回舱脱离轨道舱返回地面，轨道舱还可作为一个无人驾驶的太空实验室独立运行很长时间。如果在这段时间内我们再发射一艘飞船，这个轨道舱就可以成为宇航员演练轨道舱与新发射神舟飞船进行会合、对接、分离等轨道机动动作的迷你空间站，在这个基础上我们甚至可以将轨道舱发展成一个自动无人照料的小型空间站。
位于返回舱的后面是服务舱，服务舱的两侧张有两块更大的太阳能电池板。服务舱是神舟飞船在轨道运行时向飞船提供动力、电力和其他服务的舱室。服务舱相对宽敞的空间可以储藏大量燃料、氧气和水等物资和设备为神舟号飞船长期在太空中运行提供后勤保证。在服务舱的尾部安装有可多次点火的液态火箭发动机使神舟号飞船具备轨道回合、对接、分离等轨道机动能力，这将为未来中国组建长期有人照料的空间站提供保证。服务舱在返回舱分离返回地面后就完成了自己的任务并逐渐在坠向地球的过程中烧毁。与联盟TM飞船一样，神舟号飞船同样也可以成为中国访问国际空间站的摆渡工具。
很显然，中国的第一次太空飞行将不是一次简单的太空旅行，我们正在向世界发出中国人进入太空，探索未知领域的信号。在神舟5号的第一次成功太空飞行之后，我们期待着神舟号飞船进行每年1-2次甚至更多次的载人飞行。
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